Не знаю с чем это связано, но думаю с недоработкой разработчиками дистрибутива.
Чтобы исправить эту недоработку разрабов, я предлагаю дополнительно установить библиотеку libappindicator1, которая отвечает за отображения значков открытых приложений типа Skype.
Скопируйте и выполните в терминале (Ctrl+Alt+T) следующую команду:
sudo apt-get install libappindicator1
После установки данной библиотеки перезапустите Skype, если он у вас был открыт и теперь его значок должен появиться в трее:
Удачи.
P.S. Если у вас появились вопросы по данной статье, обсудить их можно на нашем форуме:
http://compizomania.54672.x6.nabble.com/Skype-Ubuntu-18-04-td6470.html
